La segunda pista de 2.000 metros de longitud, construida en paralelo a la actual de mayor capacidad, no podrá entrar en funcionamiento antes del próximo verano, según la última fecha que avanzaron anteriores responsables del aeropuerto. La razón está en que la nueva torre de control -cuyo edificio también está terminado- debe ser equipada con sofisticados equipos técnicos; y tiene además la complejidad añadida de que debe dar servicio de forma segregada a las operaciones militares y comerciales.

La segunda pista está diseñada sólo para los aviones de la Academia General del Aire (con los que aprenden a volar los futuros pilotos del Ejército). De momento no ofrece ninguna posibilidad de uso para los aviones comerciales de pequeña y mediana capacidad, entre otros motivos porque no tiene conexión directa con la pista principal y carece de instalaciones de embarque. Algunas fuentes de la Administración regional creían hasta ahora que la segunda pista iba despachar vuelos civiles y militares.

Dado que la nueva torre de control necesita una visualización completa de las dos pistas para facilitar operaciones paralelas y segregadas, las instalaciones del nuevo aparcamiento (con capacidad para 700 plazas más), no podrán crecer en altura. Aena tiene previsto que se empiece a cobrar en los dos estacionamientos de la terminal, que hasta el momento están libres de pago.