En el informe que recoge la propuesta de crear una red de reserva marina en aguas territoriales de la Región de Murcia, se indica que las principales amenazas de las siete zonas que los ecologistas proponen como áreas de especial protección son por la urbanización de su entorno y por la pesca de arrastre.

La principal amenaza de la bahía de Águilas es la acuicultura de dorada y lubina que ha destruido ya la mayor parte de hábitat de posidonia oceánica. El parque regional marítimo de Calnegre-Cabo Cope e Isla del Fraile peligra por la construcción de una macrourbanización un gran puerto deportivo, según indican los ecologistas.

Por su parte, la principal amenaza de la Isla Cueva de Lobos es la presión del turismo, la sobrepesca en la zona y la futura construcción de un puerto de abrigo. El parque regional marítimo terrestre de Cabo Tiñoso-La Muela y Roldán peligra por los proyecto de los puertos deportivos de La Azohía e Isla Plana, y Calblanque-Cabo de Palos por la excesiva presión turística y los proyectos de extracción de arenas para la regeneración artificial de las playas.

Por último Isla Grosa peligra por la excesiva presencia de embarcaciones de recreo, y el Cañón submarino de La Azohía por la presión pesquera.